Pemberlakuan UU NO.22/1999 dan UU No.25/1999 ternyata banyak memicu masalah. Memanfaatkan kewenangan yang ada, setiap daerah berlomba-lomba menggali dana sebagai manifestasi otonomi. Bahkan ada yang "keluar jalur" dengan mengeluarkan berbagai Perda (peraturan daerah) yang kontroversial. Beberapa waktu terakhir,pemerintah pusat mempersoalkan 68 Perda bermasalah, yang dianggap bertentangan dengan peraturan yang setara atau yang lebih tinggi dengannya. Bahkan dalam Memorandum of Economic and Financial Policies jilid terbaru, Dana Moneter International (IMF) meminta pada pemerintah Indonesia mencabut perda-perda yang menghambat mobilitas barang dan jasa. Diberitakan oleh media massa, tidak kurang dari 100 perda perlu dipertanyankan.