Ketergantungan daerah akan subsidi dari pusat masih sangat besar. Hal ini disebabkan karena sumber-sumber penerimaan utama daerah seperti PPN, PPh, pajak perusahaan dan pendapatan utama daerah lainnya telah diambil pusat. Kenyataan ini menjadi masalah dalam pelaksanaan otonomi daerah karena daerah masih tetap disubsidi, padahal subsidi ini mungkin saja berasal dari daerahnya sendiri. Oleh sebab itu, pemerintah daerah mencari sumber pendapatan alternatif di daerahnya untuk bisa mandiri yang bebas dari subsidi pusat. Intensifikasi dan ekstensifikasi sumber-sumber pendapatan daerah ini akan meningkatkan PAD, namun di sisi lain akan memberatkan dunia usaha. Buktinya Kamar Dagang dan Industri Indonesia (Kadin) menemukan adanya 1.006 perda yang dianggap memberatkan dunia usaha. Akan tetapi Ditjen Otonomi Daerah, Depdagri meragukan data yang dimiliki Kadin dan menurutnya Ditjen Otda baru 105 Perda mengenai retribusi dan pajak daerah yang bermasalah.