Tentu menarik untuk diamati proses perubahan yang terjadi dalam praktik penyelenggaraan pemerintahan di kabupaten dan kota. Proses perubahan dari pemerintahan yang sangat sentralistis menjadi sangat desentralistis yang begitu cepat dalam situasi ketika tingkat kepercayaan pada pemerintah pusat mencapai titik yang sangat rendah, perangkat perundangan dan peraturan pelaksanaan "(policy guidelines)" yang tidak jelas, dan kapasitas masyarakat sipil di daerah masih sangat terbatas membuat pelaksanaan otonomi di beberapa daerah berjalan tidak seperti yang diharapkan. Kepercayaan publik terhadap pemerintah pusat yang amat rendah karena praktik pemerintahan di masa lalu yang mengabaikan kepentingan daerah membuat pemerintah pusat memiliki kemampuan yang amat terbatas untuk mengendalikan proses transformasi pemerintahan ini dengan baik. Peraturan perundangan dan pelaksanaannya yang kurang jelas dan sering tidak konsisten ikut menciptakan kebingungan tersendiri bagi aktor dan "stakeholders", baik yang ada di daerah maupun yang ada di pusat, dalam melaksanakan otonomi daerah. Akibatnya, pemerintah daerah, kabupaten/ kota dan provinsi dituntut untuk dapat berimprovisasi dalam menyelenggarakan pemerintahan.