Citra buruk yang melekat pada PT KAI dibiarkan selama bertahun-tahun karena merasa masih mampu bertahan bersaing dengan moda transportasi lainnya. Ketepatan jadwa keberangkatan kereta lebih sering terlambat dibandingkan tepat waktu. Pengemis dan pedagang asingan berseliweran di gerbong kereta menimbulkan rasa kurag aman. Kondisi gerbong kereta dan stasiun sendiri tak kalah menyedihkan alias kotor dan tak terawat.
Semua hal di atas berkontribusi pada kerugian finansial yang cukup parah. Pada tahun 2008 PT KAI mengalami kerugian sebesar Rp. 83,5 milyar dan tentu memberatkan keuangan negara. Hingga kemudian terjadi perombakan besar-besaran dilakukan pada tahun 2009 saat Ignasius Jonan menjabat sebagai Direktur Utama PT KAI.