Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh akuntabilitas, faktor organisasional, dan penggunaan sistem pengukuran kinerja terhadap kinerja organisasi, khususnya organisasi pendidikan yang berbentuk perguruan tinggi swasta Katolik. Mixed method dengan strategi sequential explanatory digunakan dalam penelitian ini untuk mengumpulkan dan menganalisis data. Dalam tahapan kuantitatif, data dari 159 responden manajer tingkat atas dan tingkat menengah pada perguruan tinggi Katolik dikumpulkan melalui kuesioner dan kemudian dianalisis menggunakan teknik SEM-PLS. Selanjutnya, teknik analisis konten (content analysis) digunakan untuk menganalisis hasil transkip wawancara dalam tahapan kualitatif. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa akuntabilitas serta persepsi tujuan yang jelas dan terukur berpengaruh terhadap peningkatan kinerja perguruan tinggi. Penelitian ini berimplikasi secara praktik dalam rangka mendukung pemerintah dalam menciptakan sistem akuntabilitas dan tata kelola yang baik bagi perguruan tinggi. Bagi perguruan tinggi swasta Katolik, penelitian ini menunjukkan bahwa peraturan ataupun perundang-undangan yang disyaratkan oleh pemerintah merupakan faktor yang mendorong peningkatan kinerja dan tata kelola perguruan tinggi. Bagi asosiasi yang mengkoordinasi seluruh perguruan tinggi swasta Katolik (APTIK), penelitian ini menjadi referensi dalam mengembangkan dan memperkuat kerja sama antar perguruan tinggi swasta Katolik.